O Genjutsu manipula Chakra para atingir o sistema nervoso do adversário, confundindo e enganando os cinco sentidos (paladar, olfato, visão, audição e tato) para assim criar ilusões. Apesar de parecer algo simples, Genjutsus podem ser agressivos o bastante para paralisar um shinobi experiente e deixá-lo em estado de choque, vulnerável a ataque ou permitindo assim a fuga do usuário de Genjutsu.

Mesmo o mais simples dos Genjutsus exige que o usuário tenha boa manipulação de chakra e seja inteligente o suficiente para saber usar esse tipo de técnica numa batalha. Da mesma forma, um ninja precisa ter uma capacidade intelectual razoável para conseguir reconhecer e desfazer um Genjutsu; ou, no caso do Clã Uchiha, ter o Sharingan desenvolvido e ativado. No entanto, tudo depende do nível da técnica utilizada.

Como o Genjutsu usa o Chakra da vítima contra ela mesma, a forma mais comum de cancelar seu efeito é interrompendo o fluxo natural de Chakra, através da técnica Kai. Se isso não funcionar, a dor intensa consegue acabar o efeito da ilusão, ou alguém livre do Genjutsu pode inserir seu próprio Chakra no fluxo da vítima para interromper a técnica. Dentre os Genjutsus, se destacam os usados por Sharingan e Mangekyou Sharingan.

Outra técnica para cancelar o Genjutsu é nocauteando o criador da técnica.